父母子亲子鉴定可以在专业的分子检测机构进行，如分子遗传检测中心、医学鉴定中心等，一般市场上的DNA家系鉴定及其相关的报告都可以在这些机构中进行办理。父母子亲子鉴定需要提供父亲，母亲和子女的血样或口腔拭子，以及身份鉴定文件（如身份证等）。血液提供样本必须是父母和子女的血，而口腔拭子提供样本必须是父母和子女的口腔拭子，可以用牙签等工具从每个人口腔内采集细胞样本。采集取样后，样品会被送到分子检测中心进行检测，经过几周的活动，检测机构会发出检测报告，报告结果非常准确，通常专家表示鉴定准确度可以超过99.99999%。
父母子亲子鉴定一般需要父母提供本人及子女的血液样本进行检测，一般前往具有实验能力的3A级医院进行检测。亲子鉴定可以从其中检测出母亲的相关遗传信息，可以测定父亲的遗传信息，以及当前实验的主要目的，检验胚胎的DNA信息是否与父亲的DNA信息一致。一般可以使用血样进行DNA实验，也可以使用口腔唾液腺样本，包括可以被提取的指甲根样本等。它们都可以遗传分析，而且反应结果速度快，可以检测抗原基因、单基因病基因等。 此外，还可以通过去社区私家医生及公立医院来做父母子亲子鉴定，需要提供的样本是父母及子女的血样，口腔拭除样本、指甲根样本，也可在全国疾病预防控制中心，医学学会等体检中心机构进行。
亲子鉴定通常可以在具备资质的司法鉴定所或相关生物技术机构进行。对于需要用于上户口、移民、诉讼等法律用途的司法亲子鉴定，必须选择持有省级司法行政机关颁发许可证的司法鉴定所，其出具的报告具有法律效力。如果是仅为了个人了解结果的隐私亲子鉴定，也可以选择具备相关实验室资质的生物检测机构。值得注意的是，大多数普通医院不直接设立亲子鉴定科室，通常也是将样本送往上述专业机构进行检测。
在样本方面，主要分为常规样本和特殊样本。常规样本包括血液、血痕、口腔拭子以及带有毛囊的头发，这些样本DNA含量高，易于提取。特殊样本则包括指甲、牙刷、烟头、口香糖、精斑、经血等。特殊样本多用于被鉴定人不知情或无法亲自到场的情况，但检出率和准确率可能受样本采集条件影响。司法鉴定要求被鉴定人携带有效证件到场，由专业人员现场采样；个人隐私鉴定则允许委托人自行邮寄上述任意样本。
